Los órganos de gobierno y de gestión de la sociedad son:
- La Junta General. Integrada por los dos socios al 50%, que son el Ayuntamiento de Badalona y la Administración de la Generalitat de Cataluña. Está presidida por el alcalde/ese de la ciudad.
- El Consejo de Administración. Integrado por 14 personas (7 en representación del Ayuntamiento y 7 en representación de la Generalitat). Presidido por el alcalde/ese de la ciudad.
Se designa una vicepresidencia 1.ª (Generalitat) y una vicepresidencia 2.ª (Ayuntamiento). El consejo puede optar por nombrar de entre sus miembros uno o más consejeros delegados (responsabilidad por 5 años, renovable una o más veces por un periodo de igual duración). Actualmente esta figura no existe y la gestión recae en la gerencia. - La Gerencia. Imanol Sanz Martínez es gerente de Marina Badalona desde el 1 de febrero de 2013.