Els òrgans de govern i de gestió de la societat són:
- La Junta General. Integrada pels dos socis al 50%, que són l’Ajuntament de Badalona i l’Administració de la Generalitat de Catalunya. Està presidida per l’alcalde/essa de la ciutat.
- El Consell d’Administració. Integrat per 14 persones (7 en representació de l’Ajuntament i 7 en representació de la Generalitat). Presidit per l’alcalde/essa de la ciutat.
Es designa una vicepresidència 1a (Generalitat) i una vicepresidència 2a (Ajuntament). El consell pot optar per nomenar d’entre els seus membres un o més consellers delegats (responsabilitat per 5 anys, renovable una o més vegades per un període d’igual durada). Actualment aquesta figura no existeix i la gestió recau en la gerència. - La Gerència. Imanol Sanz Martínez és gerent de Marina Badalona des de l’1 de febrer de 2013.
